本編のストーリーは、吸血鬼と人間の共存の象徴である都市「特区」を巡る戦いを軸に進行する。
九龍王復活を狙う九龍の血統の魔手が特区に迫る中で、ジローとコタロウの兄弟の絆、やがて消滅する宿命を受け入れながら互いに惹かれ合うジローとミミコの絆、カンパニーと協定血族の絆や確執、世界中から忌み嫌われ敵視される九龍の血統の家族としての絆などを通じて、吸血鬼と人間、あるいは吸血鬼同士の絆や吸血鬼の存在意義などについて描いている。